Trong khoảng thời gian 1998 đến 1999, Brian hẹn hò với nữ ca sĩ - thành viên nhóm Aqua Lene Nystrøm Rasted. Sau khi chia tay, anh nhanh chóng hẹn hò với thành viên của S Club 7, Hannah Spearritt. McFadden đã cưới cựu thành viên của Atomic Kitten, Kerry Katona ngày 5 tháng 1 năm 2002 ở Rathfoe, County Dublin. Họ đã có hai con gái là Molly Marie McFadden (sinh ngày 31 tháng 8 năm 2001 và Lilly-Sue McFadden (sinh ngày 3 tháng 2 năm 2003), đều được sinh ra ở bệnh viện Mount Carmel, Dublin. Katona và McFadden đã tuyên bố li hôn tháng 9 năm 2004 và họ chính thức li dị vào tháng 12 năm 2006.

Hiện nay McFadden đã đính hôn với nữ ca sĩ – diễn viên người Úc Delta Goodrem, người đã hát đôi cùng anh trong ca khúc "Almost Here". Sau khi chia tay Katona, McFadden nói rằng Goodrem đã giúp anh vượt qua vết thương. Chuyện tình của hai người đã từng bị báo giới lên án, họ cho rằng hai người đã bắt đầu mối quan hệ trước khi McFadden chia tay Katona. Tuy nhiên cả McFadden và Goodrem đều phủ nhận điều này và khẳng định Goodrem bắt đầu hẹn hò với McFadden năm 2004 sau khi anh chia tay với Katona, và Goodrem chuyển từ Úc tới Anh để sống với McFadden. Bộ đôi tiếp tục đối mặt với báo giới tháng 5 năm 2006 khi một tờ báo đăng tin mẹ của Goodrem's khuyên cô chấm dứt với McFadden.[1] Ngày 29 tháng 11 năm 2007, McFadden tuyên bố việc đính hôn với Goodrem. Brian và Delta đã chia tay vào tháng 5 năm 2011.